Oljemålning av konstnären Ida Gisiko-Spärck
Söderby låg från början på södra sidan av Vitträsk, som ursprungligen var en skyddad vik från havet. Efter att landhöjningen brutit förbindelsen med havet flyttades byn så småningom ned mot byns sjöviste vid sundet mitt emot ön Långholmen.
Söderby och många andra skattehemman i skärgården lämnades på 1600-talet som ersättning till adeln för militära insatser. Grevarna på Nämdö som ägde Söderby hade hårda krav på dagsverken. Detta, hungersnöd, pesten och ryssarnas härjningar år 1719 gjorde att många tvingades lämna sina hemman. De blev ödehemman som köptes in av lotsar och fiskebönder i slutet av 1700-talet. Efter enskiftet år 1815 började fiskebönderna sin flytt ned till sjövistet medan de fortsatte att bruka jorden på sina ägor på Söderby gärde vid Vitträsk.
De fortsatte också att tillsammans med Uppeby vara rotehållare för Skogsberga båtsmanstorp, som var ett av öns tre båtsmanstorp och låg vid Vitträsk.
Det vackra gamla röda huset snett över vägen från bryggan och huset med Runmarö brandkår fanns antagligen där redan då. Där sägs det att prästen Aspling bodde i slutet av 1700-talet då han skulle predika både i kyrkan på Nämdö och i Vånö herrgård på Runmarö dit förutom runmaröbor folk från Eknö, Sandhamn och Harö kom roende.
När man upptäckt mineralerna på ön fann man zink i Söderbys berggrund. Bröderna Bylin kom då till Runmarö och startade Runmarö Bergverk år 1909 och lät bygga en fabrik vid stranden mot Söderbysundet.
Både bygget av och arbetet i fabriken gav sysselsättning för många öbor och inflyttade. I fabriken tillverkades först zinkvitt från öns zinkmalm som kördes i vagnar på räls ned till fabriken. Snart upptäckte man att verksamheten inte var särskilt lönsam och övergick till att arrendera ut fabriken till en firma som anrikade blymalm istället. När första världskriget var slut lades verksamheten ned. Fabriken stängdes medan den höga skorstenen ända fram till rivningen år 1967 förblev ett sjömärke för sjöfarande
Redan på 1800-talet kunde man färdas med ångbåt från Stockholm till Söderby brygga och andra platser på Runmarö. Detta gjorde att sommargästerna tidigt hittade byn Söderby. År 1888 var det sex familjer som hyrde sommarnöje här. Samtidigt lockades konstnärerna till Söderby och övriga ön.
Att konstnärinnan Ida Gisiko-Spärck, som tillhörde Önningebykonstnärskolonin på Åland, vistades i Söderby på 1890-talet visar oljemålningen ”Stockrosor vid Strandkanten, Söderby, Runmarö” och målningen ”Försommarlandskap på Runmarö”. Kanske kom hon hit i sällskap med flera av konstnärerna från Önningebykollektivet?
Till Söderby ångbåtsbrygga kom även konstnärer och författare på väg till Liljefors Bullerö. Konstnärerna Anders Zorn och Carl Larsson lär ha bett byborna om skjuts i fiskebåten mot sina målningar som betalning. Två kronor turen var priset och några målningar togs inte emot i utbyte mot kontanter…